形状、尺度与鲁棒性：生化网络参数空间中的可行区域
分子网络
2007-10-24 v1
摘要
调控网络的鲁棒性概念与基因间相互作用的性质以及模式维持或可重复性的能力密切相关。定义这一鲁棒性属性是一项具有挑战性的任务，但数学模型常将其与容许参数空间的体积联系起来。不仅该空间的体积，其拓扑和几何结构也包含了关于网络本质方面的信息，包括可行通路、两条平行通路之间的切换，或是不同/不连通的参数活跃区域。本文提出了一种通用方法来刻画容许参数空间，即将其写为半代数集，进而从理论上分析其拓扑、几何结构以及体积。该方法为发育模块的鲁棒性提供了一种更客观且完整的度量。作为示例，我们对片段极性基因网络进行了分析。
引用
@article{arxiv.0710.4269,
title = {Shape, size and robustness: feasible regions in the parameter space of biochemical networks},
author = {Madalena Chave and Eduardo D. Sontag and Anirvan M. Sengupta},
journal= {arXiv preprint arXiv:0710.4269},
year = {2007}
}
备注
38 pages, 6 figure