用于评估通路-环境交互的半参数混合模型
统计方法学
2012-06-14 v1
摘要
生物通路代表一组执行特定细胞或生理功能的基因。同一通路内的基因预期协同发挥作用，因此可能存在相互作用。已知许多基因乃至通路会与其他环境变量发生交互。然而，目前尚未开发出正式的步骤来评估通路-环境交互。在本文中，我们提出了一种半参数方法来对通路-环境交互进行建模。该方法将最小二乘核机器与半参数混合效应模型联系起来。我们通过自然三次样条对环境效应进行非参数建模。通路效应以及通路与环境效应之间的交互均通过核机器进行非参数建模，并且我们在半参数混合效应模型下估计代表交互效应的方差分量。随后，我们采用受限似然比检验和得分检验来评估主通路效应和通路-环境交互。该方法被应用于 II 型糖尿病的遗传通路数据，并识别出具有显著主通路效应、交互效应或两者兼有的通路。先前开发的其他方法仅判定许多通路具有显著的主通路效应。此外，在这些显著通路中，我们发现一些通路具有显著的通路-环境交互效应，这是其他方法无法检测到的结果。
引用
@article{arxiv.1206.2716,
title = {Semiparametric Mixed Model for Evaluating Pathway-Environment Interaction},
author = {Zaili Fang and Inyoung Kim and Jeesun Jung},
journal= {arXiv preprint arXiv:1206.2716},
year = {2012}
}