SELYMATRA：用于质谱分析的 Web 应用程序
定量方法
2017-10-18 v1
摘要
表面增强激光解吸/电离-飞行时间质谱（SELDI-TOF MS）是 MALDI 的一种变体。它在许多情况下被使用，特别是用于蛋白质谱分析以及旨在寻找生物标志物的复杂样品的初步筛选任务。不幸的是，这些分析耗时且在蛋白质鉴定方面受到严格限制。质谱的 Seldi 分析（SELYMATRA）是一个 Web 应用程序（WA），其开发目的是通过自动化鉴定过程并引入预测由质谱分析的细胞和组织复杂混合物中存在蛋白质的可能性来减少这些缺陷。SELYMATRA 具有以下特征。用于开发该 WA 的架构模式是模型-视图-控制器（MVC），这在软件系统开发中极为常用。该 WA 期望用户上传 Microsoft Excel 电子表格文件格式的数据，这通常通过专有质谱软件生成。可以设置多个参数，例如实验条件、等电点范围、pH 范围、相对误差等。该 WA 比较两份质谱（样本与对照）之间的质量值以提取差异，并根据设置的参数，查询本地数据库以预测与差异表达质量相关的最可能的蛋白质。该 WA 在过表达带标签 NURR1 受体的细胞模型中得到了验证。SELYMATRA 可在 http://140.164.61.23:8080/SELYMATRA 获取。
引用
@article{arxiv.1710.05914,
title = {SELYMATRA: Web Application for the analysis of mass spectra},
author = {Davide Nardone and Angelo Ciaramella and Mariangela Cerreta and Salvatore Pulcrano and Gian Carlo Bellenchi and Giuseppe Manco and Ferdinando Febbraio},
journal= {arXiv preprint arXiv:1710.05914},
year = {2017}
}