SABRE：用于生化反应网络随机分析的工具
计算工程、金融与科学
2010-05-18 v1 数学软件
分子网络
摘要
生物系统中随机性的重要性在过去几年中已被反复证明，并引发了对高效随机工具的需求。我们介绍了 SABRE，一个用于生化反应网络随机分析的工具。SABRE 实现了快速自适应均匀化 (FAU)，一种用于计算生化反应网络瞬态解的直接数值逼近算法。生化反应网络代表了在分子水平上研究的生物系统，这些反应可以建模为马尔可夫链的转移。SABRE 接受守卫命令形式作为输入，并将其解释为连续时间或离散时间马尔可夫链。除了以随机模式运行外，SABRE 还可以通过直接计算所研究系统的平均场近似来执行确定性分析。我们通过生物案例研究说明了 SABRE 的不同功能。
引用
@article{arxiv.1005.2819,
title = {SABRE: A Tool for Stochastic Analysis of Biochemical Reaction Networks},
author = {Frederic Didier and Thomas A. Henzinger and Maria Mateescu and Verena Wolf},
journal= {arXiv preprint arXiv:1005.2819},
year = {2010}
}