鲁棒序列排序及其在癌症基因组学中的应用
最优化与控制
2018-06-05 v1
摘要
序列排序问题旨在根据成对相似性信息对一组元素重新排序，使得相似性更高的元素在所得序列中更靠近。当存在与相似性信息一致的全局排序时，在无噪声情形下精确谱解可恢复该排序，且序列排序等价于置换上的组合 2-SUM 问题，对此已导出若干松弛方法。然而，在诸如 DNA 组装等应用中，相似性值常被严重破坏，2-SUM 的解可能不再给出元素上的近似序列结构。我们引入鲁棒序列排序问题，并证明对于一类建模 DNA 组装中所观测矩阵的相似性矩阵，它等价于一个修正的 2-SUM 问题。我们探索了该修正 2-SUM 问题的几种松弛，并在合成矩阵和真实 DNA 数据上进行了实证比较。随后我们引入带重复序列排序问题，这是受癌症基因组重建应用驱动的序列排序的推广。我们提出一种涉及鲁棒序列排序的算法来求解它，并给出在合成数据集上的初步结果。
引用
@article{arxiv.1806.00664,
title = {Robust Seriation and Applications to Cancer Genomics},
author = {Antoine Recanati and Nicolas Servant and Jean-Philippe Vert and Alexandre d'Aspremont},
journal= {arXiv preprint arXiv:1806.00664},
year = {2018}
}