双向最佳命中并非直系同源的逻辑充分条件
基因组学
2007-06-04 v1
摘要
通常使用双向最佳命中（也称为回旋镖准则）来确定序列之间的直系同源关系。最佳命中可以通过 BLAST 或其他最近开发的算法找到。先前的研究似乎假设双向最佳命中是直系同源的充分但不必要条件。在本文中，我解释了为什么双向最佳命中在逻辑上不能作为直系同源的充分条件。如果双向最佳命中对于直系同源既非充分也非必要，那么进一步审查用于识别直系同源物的某些无监督算法的逻辑基础似乎是值得的。
引用
@article{arxiv.0706.0117,
title = {Reciprocal best hits are not a logically sufficient condition for orthology},
author = {Toby Johnson},
journal= {arXiv preprint arXiv:0706.0117},
year = {2007}
}