最佳匹配图中错误直系同源分配的完整刻画
种群与进化
2020-11-30 v2 离散数学
数据结构与算法
组合数学
摘要
基因组尺度的直系同源分配通常基于相互最佳匹配。在无水平基因转移（HGT）的情况下，每一对直系同源都构成一个相互最佳匹配。因此，错误的直系同源分配总是相互最佳匹配图中的假阳性。我们考虑复制/丢失场景，并刻画明确的假阳性（u-fp）直系同源分配，即最佳匹配图（BMG）中对于任何解释该 BMG 的基因树都不可能对应直系同源的边。此外，我们提供了一种多项式时间算法来识别 BMG 中的所有 u-fp 直系同源分配。模拟表明，至少 的所有错误直系同源分配可通过此方法检测。所有结果仅依赖于 BMG 的结构，而不依赖于任何关于潜在基因树或物种树的先验知识。
引用
@article{arxiv.2006.02249,
title = {Complete Characterization of Incorrect Orthology Assignments in Best Match Graphs},
author = {David Schaller and Manuela Geiß and Peter F. Stadler and Marc Hellmuth},
journal= {arXiv preprint arXiv:2006.02249},
year = {2020}
}