真实模拟揭示 RNA-seq 偏差具有广泛的样本特异性
基因组学
2013-08-15 v1
摘要
鉴于 RNA-seq 的重要性，生物信息学界已开发出众多数据分析工具，其中包含了校正样本特异性偏差的方法。然而，鲜有先进的模拟工具可用于对相互竞争的校正方法进行基准测试。我们引入了首个能够复现单个 RNA-seq 运行特性的框架，并通过将其应用于多个数据集，论证了在真实模拟中考虑样本特异性的重要性。
引用
@article{arxiv.1308.3172,
title = {Realistic simulations reveal extensive sample-specificity of RNA-seq biases},
author = {Botond Sipos and Greg Slodkowicz and Tim Massingham and Nick Goldman},
journal= {arXiv preprint arXiv:1308.3172},
year = {2013}
}
备注
Analysis pipeline and results at http://bit.ly/rlsim-pl