用于蛋白质易位的布朗棘轮的现实扩展
概率论
2011-07-27 v1 亚细胞过程
摘要
我们研究了一个通过棘轮机制利用纳米孔跨膜转运蛋白质的模型。当蛋白质进入纳米孔时，它根据布朗运动在孔内扩散进出。此外，蛋白质被棘轮分子结合，这些分子阻碍蛋白质从纳米孔中扩散出去，即布朗运动被反射，使得没有棘轮分子离开孔。新的棘轮分子以速率γ结合。扩展我们之前的方法(Depperschmidt and Pfaffelhuber, 2010)，我们允许棘轮分子以速率δ从蛋白质上解离(模型I)。我们还提供了一个近似模型(模型II)，该模型假设在当前反射边界一侧的棘轮分子处于泊松平衡。通过分析方法和模拟，我们表明两个模型的速度大致相同。我们对模型II的分析结果通过常微分方程的解给出了易位速度。
引用
@article{arxiv.1107.5219,
title = {Realistic extensions of a Brownian ratchet for protein translocation},
author = {A. Depperschmidt and N. Ketterer and P. Pfaffelhuber},
journal= {arXiv preprint arXiv:1107.5219},
year = {2011}
}
备注
28 pages, 5 figures