RBioCloud：一种用于云上 Bioconductor 和基于 R 的任务的轻量级框架

使用由 Bioconductor 提供的 671 个软件包支持的 R 编程语言进行基因组数据的大规模即席分析非常流行。最近，分析任务受益于云提供的按需计算和存储、其可扩展性以及低维护成本。虽然生物学家和生物信息学家可以在个人工作站上执行分析任务，但在没有 extensive 云仪表板知识的情况下，在云基础设施上无缝执行这些任务仍然具有挑战性。本文探讨了如何以最小的努力在云上执行分析任务，以及如何管理任务所需的资源和数据。设计并开发了一个用于执行使用 Bioconductor 包的 R 脚本的开源轻量级框架，称为 `RBioCloud`。RBioCloud 提供了一套简单的命令行工具，用于管理云资源、数据和任务执行。三个生物学测试案例验证了 RBioCloud 的可行性。该框架可从 http://www.rbiocloud.com 公开获取。