QPS——基于生物物理建模的二次规划采样器模体发现工具
定量方法
2008-02-05 v1 基因组学
摘要
我们提出了一种用于核苷酸序列局部比对的马尔可夫链蒙特卡洛算法，旨在推断推定的转录因子结合位点，称为二次规划采样器（quadratic programming sampler）。该新型模体发现工具融入了对转录因子结合位点识别的详细生物物理建模，从而产生一个内在阈值，用以区分推定的结合位点与其他/背景序列。我们在来自大肠杆菌（Escherichia coli）的四个启动子区域样本上验证了该算法的主要功能。所得的模体描述可 readily 应用于全基因组评估，以识别新的推定结合位点。
引用
@article{arxiv.0802.0258,
title = {QPS -- quadratic programming sampler, a motif finder using biophysical modeling},
author = {Aymeric Fouquier d'Hérouël},
journal= {arXiv preprint arXiv:0802.0258},
year = {2008}
}
备注
5 pages, 3 figures