QMugs：类药分子的量子力学性质
化学物理
2021-08-02 v2 计算物理
摘要
药物发现以及化学科学其他领域的机器学习方法受益于精心整理的物理分子性质数据集。然而，目前缺乏足够大的数据集合，包含生物活性分子的第一性原理量子化学信息，例如单点电子性质、量子力学波函数和密度泛函理论（DFT）矩阵。开放获取的 QMugs（Quantum-Mechanical Properties of Drug-like Molecules，类药分子的量子力学性质）数据集填补了这一空白。QMugs 集合包含从 ChEMBL 数据库提取的超过 66.5 万个生物学和药理学相关分子的量子力学性质，总计约 200 万个构象。QMugs 包含通过半经验方法 GFN2-xTB 获得的优化分子几何结构和热力学数据。在 GFN2-xTB 和 DFT（B97X-D/def2-SVP）理论水平上提供了原子和分子性质（例如，部分电荷、能量和转动常数）。QMugs 还包含相应的量子力学波函数，包括 DFT 密度和轨道矩阵，未压缩数据总量超过 7 太字节。该数据集旨在促进从不同理论水平分子数据学习的模型的发展，同时提供对分子结构与生物活性之间相应关系的洞察。
引用
@article{arxiv.2107.00367,
title = {QMugs: Quantum Mechanical Properties of Drug-like Molecules},
author = {Clemens Isert and Kenneth Atz and José Jiménez-Luna and Gisbert Schneider},
journal= {arXiv preprint arXiv:2107.00367},
year = {2021}
}