纯简约异或单倍型分型
计算工程、金融与科学
2013-11-20 v1 数据结构与算法
摘要
从异或基因型数据解析单倍型最近被公式化为遗传研究的一种新模型。异或基因型数据是一种廉价获取的数据类型，能区分杂合位点与纯合位点，但不识别纯合等位基因。在本文中，我们提出了一种基于单倍型推断中著名模型——纯简约——的公式化方法。我们通过为一些受限情况提供多项式时间算法，并为一般情况提供固定参数算法，给出了问题的精确解。这些结果基于解的一个图表示的有趣组合性质。此外，我们证明该问题具有多项式时间k-近似，其中k是包含给定SNP的异或基因型的最大数量。最后，我们提出一种启发式方法，并进行了实验分析，表明其可扩展到来自HapMap项目的真实大规模实例。
引用
@article{arxiv.1001.1210,
title = {Pure Parsimony Xor Haplotyping},
author = {Paola Bonizzoni and Gianluca Della Vedova and Riccardo Dondi and Yuri Pirola and Romeo Rizzi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1001.1210},
year = {2013}
}