蛋白质组学标准倡议 ProForma 2.0：统一蛋白质型与肽型的编码表示
生物大分子
2022-03-23 v2
摘要
需要以标准方式表示蛋白质或肽一级序列的所有可能变体，包括肽与蛋白质的人为修饰和翻译后修饰。基于这一总体目标，人类蛋白质组组织（HUPO）蛋白质组学标准倡议（PSI）开发了一种称为 ProForma 2.0 的记号，它是自上而下蛋白质组学联盟（CTDP）开发的原始 ProForma 记号的实质性扩展。ProForma 2.0 旨在统一蛋白质型（proteoforms）与肽型（peptidoforms）的表示。因此，该记号支持自下而上以及中等/自上而下蛋白质组学方法所需的用例，并允许使用人类可读且机器可读的字符串对高度修饰的蛋白质和肽进行编码。ProForma 2.0 涵盖蛋白质修饰名称与编号的编码、包括二硫键的交联试剂、糖链、使用质量偏移和/或化学式编码的修饰、不稳定以及 C 或 N 末端修饰、修饰位置的不确定性以及原子同位素的表示等用例。记号约定基于公共受控词汇表与本体。有关该记号及现有实现的详细信息可在 http://www.psidev.info/proforma 及相应 GitHub 仓库（https://github.com/HUPO-PSI/proforma）获取。
引用
@article{arxiv.2109.11352,
title = {Proteomics Standards Initiatives ProForma 2.0 Unifying the encoding of Proteoforms and Peptidoforms},
author = {Richard D. LeDuc and Eric W. Deutsch and Pierre-Alain Binz and Ryan T. Fellers and Anthony J. Cesnik and Joshua A. Klein and Tim Van Den Bossche and Ralf Gabriels and Arshika Yalavarthi and Yasset Perez-Riverol and Jeremy Carver and Wout Bittremieux and Shin Kawano and Benjamin Pullman and Nuno Bandeira and Neil L. Kelleher and Paul M. Thomas and Juan Antonio Vizcaíno},
journal= {arXiv preprint arXiv:2109.11352},
year = {2022}
}