通过迭代搜索方法预测蛋白质结构
生物大分子
2007-06-13 v1
摘要
我们展示了一种用于寻找使非键合能量函数最小化的蛋白质构象的新算法。该新算法称为差分映射(difference map),旨在寻找同时属于两个约束空间的原子构型。第一个约束空间是具有有效肽几何的原子构型空间,第二个是具有低于给定目标的非键合能量的构型空间。这两个约束空间用于定义一个确定性动力学系统,其不动点产生位于两个约束空间交集内的原子构型。我们将差分映射产生低能蛋白质构象的速率与一种现代搜索算法——并行回火(parallel tempering)进行了比较。结果表明,差分映射以显著高于并行回火的速率找到低能蛋白质构象。
引用
@article{arxiv.0706.1754,
title = {Protein structure prediction by an iterative search method},
author = {Ivan C. Rankenburg and Veit Elser},
journal= {arXiv preprint arXiv:0706.1754},
year = {2007}
}
评论
20 pages, 7 figures