构建铁稳态网络的一组模型
计算工程、金融与科学
2013-09-05 v1 计算机科学中的逻辑
分子网络
摘要
本文提出了一种结合区间形式化技术、数值模拟和信号时序逻辑（STL）公式满足性的生物系统建模方法。该方法解决的主要建模挑战是由于获取准确生物数据的实验困难而导致的参数值存在巨大不确定性。该方法为每个参数考虑区间，并对模型的预期行为进行形式化描述。第一步，它生成可能参数值的缩减区间。然后，通过在这些区间内进行系统搜索，定义用于下一步的参数值集合。该过程旨在寻找一个模型能稳健地按预期行为的子空间。我们将此方法应用于红细胞祖细胞中细胞铁稳态网络的建模。所生成的模型明确描述了在翻译水平上起作用的调节机制。
引用
@article{arxiv.1309.0872,
title = {Producing a Set of Models for the Iron Homeostasis Network},
author = {Nicolas Mobilia and Alexandre Donzé and Jean Marc Moulis and Éric Fanchon},
journal= {arXiv preprint arXiv:1309.0872},
year = {2013}
}
备注
In Proceedings HSB 2013, arXiv:1308.5724