调控网络中致死与合成致死敲除的预测

调控细胞功能所涉及的复杂相互作用由其相互作用图捕获。通常，关于增强或抑制性调控影响以及协同效应的详细知识是缺乏的，仅知道有向相互作用的存在与否。在此，我们研究这种简化信息在多大程度上允许预测敲除或组合敲除的效应。具体而言，我们在不知道系统功能的情况下，探讨消除节点的致死性在多大程度上可以通过其网络中心性（如度与介数）来预测。系统的功能被设定为在离散布尔动力学下重现不动点的能力。我们研究了两种随机生成的网络：完全随机网络，以及通过节点复制和随后相互作用分化机制生长的结构。在所有网络上，我们发现出度是单节点敲除致死性的良好预测指标。对于节点对的敲除，两个被敲除节点之间共享的后继节点比例（出重叠）是合成致死性的良好预测指标。出度和出重叠是局部定义且计算简单的中心性度量，它们提供的预测能力接近最优预测指标。