显微切片序列中厚度变化的采集后图像补偿
计算机视觉与模式识别
2016-06-20 v2 定量方法
应用统计
摘要
连续切片显微术是体积解剖重建的一种成熟方法。目前，通过电子显微镜成像的切片序列对于重建整个动物大脑（如果蝇 Drosophila melanogaster）的突触连接至关重要。然而，从包含样本的固体块中去除超薄层的过程是一个脆弱的程序，且在切片厚度方面的精度有限。我们开发了一种方法，可根据切片序列中的信号变化估计每个独立切片的相对 z 位置。初步实验表明，该方法在连续切片透射电子显微镜 (ssTEM) 数据和聚焦离子束扫描电子显微镜 (FIB-SEM) 序列上均显示出有希望的结果。我们将该解决方案作为 Open Source 插件提供给 TrakEM2 软件和 ImageJ 发行版 Fiji。
引用
@article{arxiv.1411.6970,
title = {Post-acquisition image based compensation for thickness variation in microscopy section series},
author = {Philipp Hanslovsky and John A. Bogovic and Stephan Saalfeld},
journal= {arXiv preprint arXiv:1411.6970},
year = {2016}
}