基于扩散桥接的药物学导向初创药物设计

通过扩散桥接实现药物学导向的初创药物设计是药物发现过程中的一项深刻任务。现有方法倾向于利用靶标蛋白的口袋结构来条件化分子生成。然而，即使靶标蛋白的口袋区域也可能包含冗余信息，因为并非口袋中的所有原子都负责与配体的相互作用。在本工作中，我们提出了 PharmacoBridge—a 一种药物学导向的初创药物设计方法，通过扩散桥接生成诱导所需生物活性的药物候选分子。该方法采用 SE(3) 等变变换将药物学排列有效地转换为分子结构，为生成分子上最优生化特征排列提供精细控制。PharmacoBridge 被证明能够生成具有高亲和力与潜在蛋白靶点的击中候选分子。