基于联合Transformer的从头药物设计
机器学习
2023-12-05 v3 人工智能
摘要
从头药物设计需要同时生成训练数据之外的新分子并预测其目标性质，这对生成模型而言是一项艰巨任务。为此，我们提出联合Transformer（Joint Transformer），其在共享权重的联合生成模型中结合了Transformer解码器、Transformer编码器与一个预测器。我们制定了一种概率黑盒优化算法，利用联合Transformer生成具有改进目标性质的新分子，并在从头药物设计中优于其他基于SMILES的优化方法。
引用
@article{arxiv.2310.02066,
title = {De Novo Drug Design with Joint Transformers},
author = {Adam Izdebski and Ewelina Weglarz-Tomczak and Ewa Szczurek and Jakub M. Tomczak},
journal= {arXiv preprint arXiv:2310.02066},
year = {2023}
}
备注
Accepted to NeurIPS 2023 Generative AI and Biology Workshop