扰动中心性与 Turbine：利用多功能网络动力学工具获得的一种新颖中心性度量
分子网络
2013-10-28 v3 无序系统与神经网络
社会与信息网络
生物物理
摘要
网络动力学分析已成为理解和预测复杂系统变化的焦点。在此我们介绍 Turbine，这是一个通用框架，能够在超大型网络上对任何算法定义的动力学进行快速模拟。利用受连通容器启发的扰动传输模型，我们定义了一种新颖的中心性度量：扰动中心性。枢纽节点和模块间节点在扰动传播中表现出极高的效率。Met-tRNA 合成酶蛋白质结构网络的高扰动中心性节点被早期研究鉴定为参与蛋白质内通信的氨基酸。在各种胁迫下，酵母相互作用组节点扰动中心性的变化很好地再现了受胁迫酵母细胞的功能变化。扰动中心性的新颖性和实用性在其他几个模型、生物和社会网络中得到了验证。Turbine 软件和扰动中心性度量可为评估信号传导、药物作用、环境与社会干预提供多种新颖选择。Turbine 算法可从以下网址获取：http://www.turbine.linkgroup.hu
引用
@article{arxiv.1305.2496,
title = {Perturbation centrality and Turbine: a novel centrality measure obtained using a versatile network dynamics tool},
author = {Kristof Z. Szalay and Peter Csermely},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.2496},
year = {2013}
}
备注
21 pages, 4 figues, 1 table, 58 references + a Supplement of 52 pages, 10 figures, 9 tables and 39 references; Turbine algorithm is available at: http://www.turbine.linkgroup.hu