从复制交换分子动力学获取肽折叠动力学
软凝聚态物质
2009-10-23 v2 统计力学
化学物理
生物大分子
定量方法
摘要
我们表明，可从复制交换分子动力学 (REMD) 模拟中提取诸如蛋白折叠与展开速率等精确动力学信息。从复制交换之间的简短连续轨迹段，我们估计构象空间中的短时传播子，并据此构建主方程。对于显式水中的某螺旋肽，我们确定在微观构象状态之间以及折叠与展开的全局转换速率。我们表明，可从 REMD 中获得约 1/(100 ns) 至约 1/(1 ns) 范围内的精确速率，交换时间为 5 ps，与来自长期平衡分子动力学的结果高度一致。
引用
@article{arxiv.0710.5533,
title = {Peptide Folding Kinetics from Replica Exchange Molecular Dynamics},
author = {Nicolae-Viorel Buchete and Gerhard Hummer},
journal= {arXiv preprint arXiv:0710.5533},
year = {2009}
}
备注
4 pages, 4 figures; v2: updated abstract and Fig. 3