PepSIRF + QIIME 2：用于高度复用血清学数据自动化、可重复分析的软件工具
定量方法
2022-07-26 v1
摘要
PepSIRF 是一个基于命令行、模块化的开源软件包，便于分析来自高度复用血清学检测（如 PepSeq 或 PhIP-Seq）的数据。其当前版本（v1.5.0）包含九个独立模块：demux、info、subjoin、norm、bin、zscore、enrich、link 和 deconv。这些模块可协同使用，开展从原始高通量测序数据解复用至富集肽段识别的分析。QIIME 2 是一个开源、社区开发且基于插件的开源生物信息学平台，专注于数据与分析的透明性。QIIME 2 的特性包括集成且自动的数据溯源追踪、语义类型系统，以及对多种用户界面类型的内置支持。在此，我们描述了三个新的 QIIME 2 插件，允许用户于 QIIME 2 环境中开展 PepSIRF 分析，并从两个关键方面扩展 PepSIRF 的核心功能：1）支持生成交互式可视化；2）支持包含多个 PepSIRF 模块的分析流程自动化。
引用
@article{arxiv.2207.11509,
title = {PepSIRF + QIIME 2: software tools for automated, reproducible analysis of highly-multiplexed serology data},
author = {Annabelle M. Brown and Evan Bolyen and Isaiah Raspet and John A. Altin and Jason T. Ladner},
journal= {arXiv preprint arXiv:2207.11509},
year = {2022}
}
备注
9 pages, 6 figures, software announcement