BEER：蛋白质序列分析的生化估计器与探索器 -- 综合性软件套件
生物大分子
2025-04-30 v1
摘要
蛋白质序列分析是生物力学、计算生物学和生物信息学研究的基石。我们介绍BEER，一款跨平台图形界面软件，支持FASTA文件、蛋白质数据银行（PDB）文件或手动序列输入，即可即时计算一系列生化指标，包括氨基酸组成、Kyte Doolittle 亲水性概览、pH曲线下凸点自动确定、溶解度预测以及关键指标，如分子量、消光系数、GRAVY（平均亲水性）分数、失稳指数和芳香性。BEER的交互式可视化功能，包括柱状图、饼图、亲水性图、残基级珠模型和雷达图，使用户能够轻松探索蛋白质链的生化性质。多链模块还可直接比较复杂装配体。基于Python、BioPython、PyQt5和matplotlib构建的BEER，可在一秒钟内对最长达10000个残基的序列完成完整分析。
引用
@article{arxiv.2504.20561,
title = {BEER: Biochemical Estimator and Explorer of Residues -- A Comprehensive Software Suite for Protein Sequence Analysis},
author = {Saumyak Mukherjee},
journal= {arXiv preprint arXiv:2504.20561},
year = {2025}
}
备注
7 pages, 11 figures, 2 tables