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字中间隙重复的最优搜索

形式语言与自动机理论 2015-10-05 v3

摘要

继 (Kolpakov et al., 2013; Gawrychowski and Manea, 2015) 之后,我们继续研究字符串中的 α\alpha-间隙重复(α\alpha-gapped repeats),其定义为因子 uvuuvu 且满足 uvαu|uv|\leq \alpha |u|。我们的主要结果是:长度为 nn 的字符串中极大 α\alpha-间隙重复的数目具有 O(αn)O(\alpha n) 的界,而此前 (Kolpakov et al., 2013) 证明的界为 O(α2n)O(\alpha^2 n)。对于密切相关的极大 δ\delta-子重复(指数介于 1+δ1+\delta22 之间的极大因子)概念,我们的结果意味着其数目具有 O(n/δ)O(n/\delta) 的界,这将 (Kolpakov et al., 2010) 的界改进了 logn\log n 因子。我们还证明了计算所有极大 α\alpha-间隙重复的算法时间界为 O(αn+S)O(\alpha n+S)SS 为输出规模)。受 (Gawrychowski and Manea, 2015) 启发,我们的解法不同于 (Tanimura et al., 2015) 最近发表的对同一界的证明。结合我们对 SS 的界,这蕴含了一个计算所有极大 α\alpha-间隙重复的 O(αn)O(\alpha n) 时间算法。

关键词

引用

@article{arxiv.1509.01221,
  title  = {Optimal searching of gapped repeats in a word},
  author = {Maxime Crochemore and Roman Kolpakov and Gregory Kucherov},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1509.01221},
  year   = {2015}
}

备注

27 pages. arXiv admin note: text overlap with arXiv:1309.4055