系统发育网络上最大简约与似然的特性

最大简约法是系统发育估计中讨论最多的树重建方法之一。然而，近年来越来越明显的是，系统发育树通常不足以准确描述进化。例如，在许多生物类群中常见的杂交或基因横向转移等过程会导致嵌合关系模式，无法用单一系统发育树表示。这正是能够展示此类事件的系统发育网络在系统发育研究中越来越受关注的原因。因此，有必要将最大简约等概念从系统发育树扩展到网络。近期文献中有若干可能的扩展建议，例如软连线和硬连线简约性概念。本文中，我们在这两个概念下分析所谓的大简约问题，即研究最大简约网络并分析其性质。特别地，我们证明了寻找软连线最大简约网络可在多项式时间内完成。我们还证明了对于硬连线定义的最大简约网络集合总是至少包含一棵系统发育树。最后，我们研究了简约性与系统发育网络上不同似然概念的一些相似之处。