论若干因素对通路富集分析的影响
基因组学
2022-01-17 v1
摘要
通路富集分析已成为一种广泛使用的基于知识的生物医学数据解读方法。其流行导致了富集方法和通路数据库的大量涌现。尽管通路富集的精妙在于其简洁性，多个因素会影响此类分析的结果且可能未被考虑。研究者可能未能给予有影响因素以应有重视，转而求助于流行方法和基因集集合或默认设置。尽管持续努力以建立固定指南，有意义的结果仍受限于围绕应如何开展富集分析缺乏共识或金标准。尽管如此，此类关切已促使一系列专门评估各种因素对通路富集结果影响的基准研究。在本综述中，我们整理并总结这些基准的发现，以全面概述这些因素的影响。我们的工作涵盖广泛的因素，从方法学假设到与先验生物学知识相关的因素，如通路定义和数据库选择。借此，我们旨在阐明这些方面如何导致不显著、无趣甚至矛盾的结果。最后，我们通过提出未来基准以及克服部分由上述因素引发之挑战的解决方案来总结本综述。
引用
@article{arxiv.2201.05593,
title = {On the influence of several factors on pathway enrichment analysis},
author = {Sarah Mubeen and Alpha Tom Kodamullil and Martin Hofmann-Apitius and Daniel Domingo-Fernández},
journal= {arXiv preprint arXiv:2201.05593},
year = {2022}
}