BIOME-Bench：一个用于从科学文献中进行生物分子相互作用推断和多组学通路机制阐明的基准
计算与语言
2026-01-01 v1
摘要
多组学研究通常依赖通路富集来解释异质性的分子变化，但基于通路富集（PE）的工作流程继承了通路资源的固有结构限制，包括整理滞后、功能冗余以及对分子状态和干预的灵敏度有限。尽管最近的工作探索了使用大语言模型（LLM）来改进基于PE的解释，但由于缺乏用于端到端多组学通路机制阐明的标准化基准，评估在很大程度上局限于小型、手动整理的数据集或临时案例研究，阻碍了可重复的进展。为了解决这个问题，我们引入了BIOME-Bench，它通过一个严格的四阶段工作流程构建，用于评估LLM在多组学分析中的两项核心能力：生物分子相互作用推断和端到端多组学通路机制阐明。我们为这两项任务开发了评估协议，并在多个强大的当代模型上进行了全面的实验。实验结果表明，现有模型在多组学分析中仍然表现出显著的不足，难以可靠地区分细粒度的生物分子关系类型，并生成忠实、鲁棒的通路级机制解释。
引用
@article{arxiv.2512.24733,
title = {BIOME-Bench: A Benchmark for Biomolecular Interaction Inference and Multi-Omics Pathway Mechanism Elucidation from Scientific Literature},
author = {Sibo Wei and Peng Chen and Lifeng Dong and Yin Luo and Lei Wang and Peng Zhang and Wenpeng Lu and Jianbin Guo and Hongjun Yang and Dajun Zeng},
journal= {arXiv preprint arXiv:2512.24733},
year = {2026}
}