关于蛋白质族的熵
生物大分子
2016-02-17 v1 统计力学
摘要
蛋白质是生命系统的基本组成部分，能够在分子水平上执行种类繁多的任务，如识别、信号传导、复制、运输……实现特定功能的蛋白质序列在不同生物体间可能差异很大，从而形成蛋白质族。在此，我们基于不同方法估计这些族的熵，包括用于蛋白质数据库的隐马尔可夫模型以及再现多序列比对低阶（1点和2点）统计量的推断统计模型。我们还计算了熵代价，即由于作用于蛋白质上的约束（例如在特定位点固定某一特定氨基酸）而导致的熵损失，并将此概念与 HIV 病毒的逃逸概率联系起来。对于熵可以被精确计算的格点蛋白质，其允许我们提供由于不同折叠竞争而产生的代价概念的另一例证。本文强调了熵与定向进化实验的相关性。
引用
@article{arxiv.1512.08101,
title = {On the entropy of protein families},
author = {John Barton and Arup Chakraborty and Simona Cocco and Hugo Jacquin and Rémi Monasson},
journal= {arXiv preprint arXiv:1512.08101},
year = {2016}
}
备注
to appear in Journal of Statistical Physics