应用于细胞基态不同系统扰动的网络熵度量
分子网络
2013-05-24 v1
摘要
我们通过整合基因表达值和蛋白质相互作用网络，利用网络系综的熵度量来表征与癌症和衰老表型相关的不同细胞状态。该熵度量估计了网络系综可用的参数空间，高熵值可解释为系统的可塑性水平（即改变其内部参数以响应环境刺激的能力），而在相反情况下则解释为参数的精细调节（限制了可能的参数值范围）。该方法可应用于从整个细胞到单个生物功能的不同尺度，通过基于先验生物学知识定义适当的子网络，从而更深入地理解所涉及的细胞过程。在我们的分析中，我们使用了特定的网络特征（度序列、子网络结构和基因谱之间的距离）来获取不同生物尺度的信息，为实验转录组数据与先验生物学知识的整合提供了新的视角；此外，根据模型中引入的约束（例如社区结构），熵度量还可以突出所研究生物系统的其他方面。
引用
@article{arxiv.1305.5369,
title = {Network Entropy measures applied to different systemic perturbations of cell basal state},
author = {G. Menichetti and G. Bianconi and E. Giampieri and G. Castellani and D. Remondini},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.5369},
year = {2013}
}
备注
NOTE: includes supplementary material