在线维特比算法及其与随机游走的关系
数据结构与算法
2010-01-25 v1
摘要
本文介绍了一种用于隐马尔可夫模型（HMM）解码的在线维特比算法，其空间复杂度远小于线性。我们对两状态HMM的分析表明，对于长度为的序列，使用状态HMM解码时，期望的最大内存使用量可低至，且与经典维特比算法相比没有显著的减速。经典维特比算法需要空间，这对于长DNA序列（如完整的人类基因组染色体）和连续数据流的分析是不切实际的。我们还通过一个用于基因发现的简单HMM，在模拟和真实DNA序列上实验性地展示了在线维特比算法的性能。
引用
@article{arxiv.0704.0062,
title = {On-line Viterbi Algorithm and Its Relationship to Random Walks},
author = {Rastislav Šrámek and Broňa Brejová and Tomáš Vinař},
journal= {arXiv preprint arXiv:0704.0062},
year = {2010}
}