具有多个内部状态的启动子中的噪声与信息传输
分子网络
2015-06-16 v2
摘要
基于过去十年对基因表达噪声的测量，人们已习惯于用双态模型来思考基因调控，即基因启动子可在 ON 和 OFF 状态之间随机切换。随着实验日益精确，偏离双态模型的现象开始显现，我们探讨了复杂多态启动子的实验特征及其额外的功能性后果。具体而言，我们：(i) 将基因表达噪声的计算扩展至由具有多状态的状态转移图描述的启动子；(ii) 系统计算了这些复杂启动子在实验上可观测的噪声特征；(iii) 利用信息论评估复杂启动子架构的信道容量，并将其与双态模型提供的基线进行比较。我们发现，向启动子添加内部状态通常会降低信道容量，但在某些情况下例外，我们详细分析了其中三种情况（协同性、双重作用调控、启动子循环）。
引用
@article{arxiv.1307.8075,
title = {Noise and information transmission in promoters with multiple internal states},
author = {Georg Rieckh and Gašper Tkačik},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.8075},
year = {2015}
}
备注
16 pages, 9 figures