基于网络理论的生物分子相互作用动态力谱数据评估方法
分子网络
2015-05-14 v1 生物物理
定量方法
摘要
利用动态力谱研究单分子与分子复合物之间的分子键时，纳米尺度下的大幅波动以及可能的其他非特异性结合会掩盖实验输出。在定量分析键参数之前，人们投入大量精力开发有效筛选相关实验数据的方法。本文提出一种基于图论的方法。将对应于重复拉伸事件的力-距离曲线映射到其相关网络（数学图）上。在这些图中，相似曲线的群组表现为拓扑模块，通过图的谱分析识别这些模块。我们通过分析在单链DNA-单链DNA、肽-RNA（来自HIV1系统）和肽-金表面测量的大规模力-距离曲线集合来展示该方法。在我们的数据集中，该方法系统地将与不同分子间相互作用以及分子聚集空间排列和/或拉伸速度相关的曲线子群分离出来。这证明了该方法对空间自由度的敏感性，暗示了其在大型分子复合物和具有多个结合位点情况下的潜在应用。
引用
@article{arxiv.0911.2414,
title = {Network theory approach for data evaluation in the dynamic force spectroscopy of biomolecular interactions},
author = {Jelena Zivković and Marija Mitrović and Luuk Janssen and Hans A. Heus and Bosiljka Tadić and Sylvia Speller},
journal= {arXiv preprint arXiv:0911.2414},
year = {2015}
}