NDN-TR70——利用 NDN-DPDK 构建 Kubernetes 基因组学数据湖
网络与互联网体系结构
2022-10-20 v1 基因组学
摘要
随着高分辨率 DNA 测序技术可及性的提高，基因组学样本数量迅速增长，亟需一个可扩展的平台来聚合分散的数据集，以便轻松访问海量可用的 DNA 序列。在这项工作中，我们提出并演示了一种将命名数据网络（Named Data Networking, NDN）与 Kubernetes 集群结合使用的新方法，以在云端设计灵活且可扩展的基因组学数据湖。此外，使用 NDN 数据平面开发套件（Data Plane Development Kit, DPDK）可向各地研究人员高效且便捷地分发数据集。本报告将阐述部署基因组学数据湖的必要性、成功部署所需的条件，以及复现所提设计的详细说明。最后，本技术报告概述了用于进一步改进的后续增强选项。
引用
@article{arxiv.2210.10251,
title = {NDN-TR70 -- Utilizing NDN-DPDK for Kubernetes Genomics Data Lake},
author = {Sankalpa Timilsina and Justin Presley and David Reddick and Susmit Shannigrahi},
journal= {arXiv preprint arXiv:2210.10251},
year = {2022}
}