phi X 174 基因组的纳米孔测序
基因组学
2014-06-19 v2 生物物理
摘要
DNA 纳米孔测序是一种单分子技术，可在最小化样品制备和仪器需求的情况下实现长读长、低成本和高速度。在此基础上，我们利用纳米孔分辨率和 DNA 控制的最新进展，解读了 DNA 易位通过 MspA 孔道过程中观察到的离子电流水平进程。由于大约四个核苷酸影响每个水平的离子电流，我们测量了所有 256 种四核苷酸组合 (quadromers) 对应的离子电流。该四聚体图谱对源自噬菌体 phi X 174 基因组的先前未测量序列的离子电流水平具有高度预测性。此外，我们展示了长达 4,500 个碱基的 phi X 174 纳米孔测序读长，这些读长可以明确地比对到 phi X 174 参考基因组，并证明了其在混合基因组组装和多态性检测方面的概念验证效用。所有方法和数据均完全公开。
引用
@article{arxiv.1406.4214,
title = {Nanopore Sequencing of the phi X 174 genome},
author = {Andrew H. Laszlo and Ian M. Derrington and Brian C. Ross and Henry Brinkerhoff and Andrew Adey and Ian C. Nova and Jonathan M. Craig and Kyle W. Langford and Jenny Mae Samson and Riza Daza and Kenji Doering and Jay Shendure and Jens H. Gundlach},
journal= {arXiv preprint arXiv:1406.4214},
year = {2014}
}
备注
11 pages, 4 figures, 27 page supplement with 15 figures and 6 tables