石墨烯纳米孔几何形状对DNA测序有多有效？
生物物理
2015-01-12 v1
摘要
本文中，我们利用转向分子动力学(SMD)模拟研究了石墨烯纳米孔几何形状对均聚单链DNA(ssDNA)穿过纳米孔拉动过程的影响。考察了不同的石墨烯纳米孔，包括轴对称与非对称单层石墨烯纳米孔，以及五层石墨烯多晶晶体(GPC)。评估了拉力曲线、ssDNA的运动方式、不可逆DNA拉动中所做功以及纳米孔附近DNA碱基的取向。模拟结果表明孔的几何形状以及几何对称性对自由能垒、DNA易位通过石墨烯纳米孔的取向和动力学具有强烈影响。我们的研究提出，具有高拉动速度的单层石墨烯纳米孔的对称圆形几何结构可用于DNA测序。
引用
@article{arxiv.1501.02169,
title = {How effective is graphene nanopore geometry on DNA sequencing?},
author = {Vahid Satarifard and Masumeh Foroutan and Mohammad Reza Ejtehadi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1501.02169},
year = {2015}
}