SARS-CoV-2 Gamma与Lambda变体的突变特征及传播力
种群与进化
2021-08-25 v1 统计理论
定量方法
统计理论
摘要
SARS-CoV-2关注变体的出现危及COVID-19的长期控制，尤其在基因组监测有限的国家。本工作中，我们探究了智利传染的基因组驱动因素。我们测序了2021年1月至7月收集的3443个SARS-CoV-2基因组，其中Gamma（P.1）、Lambda（C.37）、Alpha（B.1.1.7）、B.1.1.348和B.1.1谱系占主导。使用为有限基因组监测量身定制的贝叶斯模型，我们发现Lambda和Gamma变体的繁殖数分别比Alpha大约5%和16%。我们观察到Spike基因中突变的过度富集，且与变体传播力强相关。此外，各变体的突变特征呈现一个与疫苗接种开始（主要为CoronaVac，一种灭活病毒疫苗）同步的断点，表明存在额外的假定选择压力。因此，我们的工作提供了一种在欠采样下量化新变体传播力的可靠方法（如新近报道的Delta，B.1.617.2），并凸显了持续基因组监测的重要性。
引用
@article{arxiv.2108.10018,
title = {Mutational signatures and transmissibility of SARS-CoV-2 Gamma and Lambda variants},
author = {Karen Y. Oróstica and Sebastian Contreras and Sebastian B. Mohr and Jonas Dehning and Simon Bauer and David Medina-Ortiz and Emil N. Iftekhar and Karen Mujica and Paulo C. Covarrubias and Soledad Ulloa and Andrés E. Castillo and Ricardo A. Verdugo and Jorge Fernández and Álvaro Olivera-Nappa and Viola Priesemann},
journal= {arXiv preprint arXiv:2108.10018},
year = {2021}
}