分子动力学与流体力学的多尺度耦合：在DNA通过纳米孔易位中的应用
生物物理
2007-05-23 v1 计算物理
摘要
我们提出了一种在流体溶剂存在下聚合物动力学建模的多尺度方法。该方法将Langevin分子动力学（MD）技术与介观Lattice-Boltzmann（LB）溶剂动力学方法相结合。本方法的一个独特之处在于，溶质大分子与水溶剂之间的流体动力学相互作用被显式处理，但由于LB求解器的双粒子-场性质，在计算上仍然易于处理。我们证明了当前LB-MD多尺度方法适用于聚合物快速通过纳米孔的问题。我们还在DNA通过纳米孔易位的背景下对我们的结果进行了解释，这是一个近年来引起广泛理论和实验关注的问题。
引用
@article{arxiv.physics/0701029,
title = {Multiscale coupling of molecular dynamics and hydrodynamics: application to DNA translocation through a nanopore},
author = {Maria G. Fyta and Simone Melchionna and Efthimios Kaxiras and Sauro Succi},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0701029},
year = {2007}
}
备注
18 pages, 8 figures