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生物聚合物通过纳米孔易位的多尺度建模

生物物理 2011-11-10 v1 计算物理

摘要

我们采用多尺度方法对生物聚合物通过纳米尺寸孔的易位进行建模。我们的计算方案将微观朗之万分子动力学与用于溶剂动力学的介观格子玻尔兹曼方法相结合,明确考虑了分子与周围流体的相互作用。通过模拟不同初始构型和长度的聚合物,研究了易位过程的动力学和统计方面。对于代表性的分子尺寸,我们探讨了模拟中涉及的重要参数的影响,特别关注分子-溶剂耦合强度和驱动易位过程的外部电场强度。最后,我们探讨了模拟中建模的通用聚合物与DNA之间的联系,对于DNA已有有趣的近期实验结果。

关键词

引用

@article{arxiv.physics/0703086,
  title  = {Multiscale modeling of biopolymer translocation through a nanopore},
  author = {Maria Fyta and Simone Melchionna and Efthimios Kaxiras and Sauro Succi},
  journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0703086},
  year   = {2011}
}

备注

8 pages, 5 figures, to appear in Lecture Notes in Computer Science