用于浓度到链翻译的 DNA 链置换多物种共识网络
分子网络
2021-02-23 v1
摘要
我们提出了新颖的化学反应网络，将浓度水平转化为独特的 DNA 链物种，我们称之为浓度翻译器。我们的浓度翻译器设计基于两种化学反应网络的组合：共识网络与具有任意数量化学物种的转换网络。我们从非线性动力系统的角度对提出的 CRN 进行几何分析，并表明该 CRN 确实可作为翻译器运行。我们的浓度翻译器利用 DNA 链置换（DSD）反应，该反应已知为一种可实现任意化学反应网络的通用反应。我们展示了两种具有不同切换行为与生化成本的特定类型浓度翻译器（翻译器 A 与 B），并在计算上比较了它们的特性。所提出的浓度翻译器具有无需任何基于荧光的技术即可读出目标核酸链浓度的优势。这些特性可根据应用需求（包括动态范围、灵敏度与实现成本）进行定制。
引用
@article{arxiv.2102.10613,
title = {Multi-species consensus network of DNA strand displacement for concentration-to-strand translation},
author = {Toshiyuki Yamane and Eiji Nakamura and Koji Masuda},
journal= {arXiv preprint arXiv:2102.10613},
year = {2021}
}
备注
18 pages, 9 figures