MotifRetro：通过动态基序编辑探索逆合成中的可组合性-一致性权衡
生物大分子
2023-05-25 v1 人工智能
机器学习
摘要
是否存在一个统一的基于图的逆合成预测框架？通过对全模板、半模板和无模板逆合成方法的分析，我们发现它们都力求在可组合性（combinability）与一致性（consistency）之间取得最优平衡：\textit{应将原子组合为基序以简化分子编辑过程，还是应将基序拆解为原子以缩减词表并提升预测一致性？}近期工作研究了若干特定情形，但均未能探索不同的可组合性-一致性权衡。因此，我们提出 MotifRetro，一个用于逆合成预测的动态基序编辑框架，可探索整个权衡空间并统一基于图的模型。MotifRetro 包含两个组件：控制可组合性-一致性权衡的 RetroBPE，以及一个基序编辑模型，其中我们引入了新颖的 LG-EGAT 模块以动态地向分子添加基序。我们在 USPTO-50K 上进行了大量实验，探究该权衡如何影响模型性能，并最终取得了最先进的性能。
引用
@article{arxiv.2305.15153,
title = {MotifRetro: Exploring the Combinability-Consistency Trade-offs in retrosynthesis via Dynamic Motif Editing},
author = {Zhangyang Gao and Xingran Chen and Cheng Tan and Stan Z. Li},
journal= {arXiv preprint arXiv:2305.15153},
year = {2023}
}