MolMod：一个用于流体分子模拟的力场开放访问数据库
计算物理
2019-04-11 v1 介观与纳米尺度物理
软凝聚态物质
摘要
本文介绍 MolMod 数据库，其开放访问地址为 http://molmod.boltzmann-zuse.de/，目前包含超过 150 种纯流体的分子间力场。该数据库由玻尔兹曼-祖泽计算分子工程学会（BZS）开发并维护。MolMod 数据库中的分子模型集为流体分子模拟提供了一致性框架。MolMod 数据库中的分子模型由 Lennard-Jones 相互作用位点、点电荷以及点偶极与四极构成，这些可等价地由多个点电荷表示。力场可导出为模拟程序 ms2、ls1 mardyn、Gromacs 与 LAMMPS 的输入文件。为刻画与数值数据库内容相关的语义，我们引入了一种力场命名法，其亦可用于原子与介观尺度材料建模的其他情境。数据库中纯物质的模型通常经优化以良好再现汽液平衡的实验数据，重点关注蒸气压与饱和液体密度。在许多情况下，这些模型亦能良好预测纯流体的量热、传递与界面性质。所有模型均提供了其开发原始文献的引用。利用既有的组合规则，这些模型可直接用于预测流体混合物性质。输入错误是模拟中错误的主要来源之一。MolMod 数据库有助于减少此类错误。
引用
@article{arxiv.1904.05206,
title = {MolMod: An open access database of force fields for molecular simulations of fluids},
author = {Simon Stephan and Martin Thomas Horsch and Jadran Vrabec and Hans Hasse},
journal= {arXiv preprint arXiv:1904.05206},
year = {2019}
}