迈向透明、可复现、他人可用且可扩展（TRUE）的分子模拟
计算物理
2020-03-06 v2 软凝聚态物质
摘要
由软物质（例如液体、聚合物、泡沫、凝胶、胶体以及大多数生物材料）组成的系统在科学与工程领域无处不在，但此类系统的分子模拟带来了特殊的计算挑战，需要通过对长模拟轨迹进行时间和/或系综平均数据采集以评估性质。对软物质系统执行分子模拟涉及多个步骤，这些步骤传统上由研究人员以“定制”方式完成，导致许多已发表的软物质模拟无法基于论文所提供的信息被复现。为解决可复现性问题并提供计算筛选工具，我们一直在开发开源的分子模拟与设计框架（MoSDeF）软件套件。在本文中，我们提出了一套用于创建透明、可复现、他人可用且可扩展（TRUE）分子模拟的原则。MoSDeF通过自动化分子模拟中的许多关键步骤来促进TRUE模拟的发表与传播，从而增强其可复现性。我们提供了若干TRUE分子模拟的示例：创建、运行模拟以及从中提取性质所涉及的所有步骤均在开源平台（MoSDeF内部及GitHub上）发布，从而满足TRUE模拟的定义。
引用
@article{arxiv.2003.02031,
title = {Towards Molecular Simulations that are Transparent, Reproducible, Usable By Others, and Extensible (TRUE)},
author = {Matthew W. Thompson and Justin B. Gilmer and Ray A. Matsumoto and Co D. Quach and Parashara Shamaprasad and Alexander H. Yang and Christopher R. Iacovella and Clare McCabe and Peter T. Cummings},
journal= {arXiv preprint arXiv:2003.02031},
year = {2020}
}