基于增强量子退火方法的分子展开公式化

分子对接是药物发现中的一个关键阶段，涉及精确确定两个分子结合时的最佳空间排列。在此类分析中，分子的三维结构是一个基本考虑因素，涉及根据其自由度（包括刚性旋转-平移和沿可旋转键的片段旋转）操纵分子表示，以确定分子相互结合时的优选空间排列。在本文中，探索了基于量子退火的解决方案来解决分子对接中特定阶段——分子展开问题，并与最先进的经典算法“GeoDock”进行了比较。分子展开侧重于将分子展开到展开状态，以简化目标空腔内的操作并优化其构型，通常通过最大化分子面积或内部原子距离来实现。分子展开问题旨在找到增加分子内原子间距离的扭转构型，这也会增加分子面积。量子退火方法首先将问题编码为高阶无约束二元优化方程，该方程被修剪到任意百分比以提高时间效率，并能够使用任何量子退火器求解该方程。然后将得到的HUBO转换为二次无约束二元优化方程，该方程易于嵌入到D-Wave退火量子处理器上。