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基于量子近似优化算法的分子对接

量子物理 2024-05-17 v2 化学物理 生物大分子

摘要

分子对接在药物发现和精准医疗中起着关键作用,使我们能够理解蛋白质功能并推进新型疗法。在此,我们引入解决该问题的一种潜在替代方案——数字化反绝热量子近似优化算法(DC-QAOA),该算法在量子计算机上利用反绝热驱动和 QAOA。我们的方法被应用于分析多种生物系统,包括 SARS-CoV-2 Mpro 与 PM-2-020B 复合物、DPP-4 与哌啶稠合咪唑并吡啶 34 复合物,以及 HIV-1 gp120 与 JP-III-048 复合物。DC-QAOA 表现出卓越的性能,提供了更准确且更具生物学相关性的对接结果,尤其是在较大的分子对接问题中。此外,基于 QAOA 的算法在含噪声中等规模量子时代展现出增强的硬件兼容性,表明其在实际对接场景下具有高效实现的潜力。我们的发现突显了量子计算在药物发现中的潜力,并为优化蛋白质-配体对接过程提供了有价值的见解。

关键词

引用

@article{arxiv.2308.04098,
  title  = {Molecular docking via quantum approximate optimization algorithm},
  author = {Qi-Ming Ding and Yi-Ming Huang and Xiao Yuan},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2308.04098},
  year   = {2024}
}

备注

23 pages, 17 figures, All comments are welcome