间期细胞核内扩散输运的建模

本文提出了一种用于模拟间期细胞核内粒子扩散输运的晶格模型。通过三种不同方法构建了致密的染色质纤维网络：随机分布的非连通障碍物、随机行走链模型，以及具有持久长度的自回避随机行走链模型。通过比较随机行走链模型的离散版本与连续版本，我们证明了晶格离散化不会改变粒子扩散。在改变占据体积、链长、持久长度和行走者尺寸的情况下，详细研究了纤维网络的三维几何结构对粒子扩散的影响。结果表明，单体的邻接性、自回避随机行走模型中包含的排除体积效应，以及在较小程度上的持久长度，均会影响粒子扩散。我们展示了引入有效链占据率（即几何链体积与行走者尺寸的卷积）如何消除网络构象对扩散的影响，即当绘制扩散系数随有效链体积变化的函数时，数据会落在一条主曲线上。