DNA中酶诱导气泡的热演化建模

核酸（NAs）中气泡的形成在许多生物学过程中是基础性的，如 DNA 复制、重组、端粒形成、核苷酸切除修复，以及 RNA 转录和剪接。这些过程由组装的酶复合物执行，这些复合物分离 NA 的特定区域。在非线性动力学方法框架内，我们将 DNA 双链的结构建模为耦合振子的非线性网络。我们表明，事实上从某些局部结构畸变会产生振荡局域模式，即径向和扭转呼吸子，其与局域氢键变形相关，让人联想到复制气泡。我们进一步研究了这些振荡气泡的温度依赖性。为此，使用 Nos$\rm{\acute{e}}$-Hoover 方法将 DNA 双链潜在的振子非线性网络与热浴接触。特别关注在施加的热扰动下振荡气泡的稳定性。结果表明，径向和扭转呼吸子甚至在高达室温的热扰动冲击下仍能维持。一般而言，对于非零温度，氢键呼吸子沿双链相干移动，而在 T=0 时产生驻留的径向和扭转呼吸子。