Mod/Resc简约推断
数据结构与算法
2015-05-18 v2
摘要
本文研究了一个新的计算生物学问题,旨在理解一种可能用于基因操控受遗传性细胞内寄生细菌感染的自然昆虫种群的机制。在这个我们称之为\textsc{Mod/Resc简约推断}的问题中,给定一个布尔矩阵,目标是找到另外两个具有最少列数的布尔矩阵,使得对这些矩阵进行适当定义的操作后能恢复输入矩阵。我们证明这形式上等价于\textsc{二分双团边覆盖}问题,并利用这种等价性推导出我们问题的一些复杂性结果。我们提供了一种新的、固定参数可解的方法来解决这两个问题,该方法略微改进了先前发表的用于\textsc{二分双团边覆盖}的算法。最后,我们展示了将我们的一些技术应用于真实数据集所得到的实验结果。
引用
@article{arxiv.1002.1292,
title = {Mod/Resc Parsimony Inference},
author = {Igor Nor and Danny Hermelin and Sylvain Charlat and Jan Engelstadter and Max Reuter and Olivier Duron and Marie-France Sagot},
journal= {arXiv preprint arXiv:1002.1292},
year = {2015}
}
备注
11 pages, 3 figures