构象变化的最大通量转变路径

给定一个生物分子系统的两个亚稳态A和B，问题在于计算从A到B的可能转变路径。如果针对一组约化的集体变量进行计算，且路径在集体变量空间中聚集，则此类计算更具信息性且更易处理。计算任务变为计算此类聚集的“中心”。定义中心的一个好方法利用了提交函数的概念，该函数在集体变量空间中某点的值表示从该点出发的轨迹在到达A之前到达B的概率。提交函数将转变区域“分层”为一组等提交面。最大通量转变路径被定义为一条路径，该路径在每个等提交面上穿过一个（局部）具有最高不同反应性轨迹穿越率的点。（该路径不同于Huo和Straub的MaxFlux方法中的路径。）本文论证了该路径比已提出的其他路径（可能除有限温度弦方法路径外）更接近理想路径。为使计算可行，引入了三种近似，从而得到一条作为非奇异两点边值问题解的路径。对于此类问题，可以构建一个简单且稳健的算法。本文讨论了这样一种算法及其性能。