单哺乳动物细胞的质谱分析量化细胞分化过程中的蛋白质组异质性
基因组学
2018-10-29 v1 定量方法
摘要
细胞异质性对包括癌症与发育在内的生物学过程十分重要。然而，由于现有量化单细胞蛋白质水平方法的局限，蛋白质组异质性在很大程度上未被探索。为缓解这些局限，我们开发了基于质谱的单细胞蛋白质组学（SCoPE-MS），并验证了其在依据蛋白质组识别不同的人癌细胞类型方面的能力。我们使用SCoPE-MS量化了分化中小鼠胚胎干（ES）细胞的上千种蛋白质。单细胞蛋白质组使我们能够解构细胞群体并推断蛋白质丰度关系。单细胞蛋白质组与转录组的比较表明存在协调的mRNA与蛋白质共变。然而，许多基因在mRNA与蛋白质水平展现出功能上协同但不同的调控模式，提示转录后调控机制有助于谱系特化过程中的蛋白质组重塑，尤其是对发育基因而言。SCoPE-MS广泛适用于测量单细胞的蛋白质组构型并将其与功能表型（如细胞类型与分化潜能）相关联。
引用
@article{arxiv.1808.00598,
title = {Mass-spectrometry of single mammalian cells quantifies proteome heterogeneity during cell differentiation},
author = {Bogdan Budnik and Ezra Levy and Guillaume Harmange and Nikolai Slavov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1808.00598},
year = {2018}
}